viernes, 17 de noviembre de 2023
El Laboratori d'Investigació d'Epigenètica del Càncer del IdISBa genera un mapa de l'estructura tridimensional del genoma del càncer mamari triple negatiu
L'Institut d'Investigació Sanitària de Balears ha coordinat una recerca finançada per fons del consorci European Advanced Infrastructure Genomics (EASI-*Genomics) que ha aconseguit la reprogramació de l'expressió gènica de models cel·lulars derivats de tumors mamaris triples negatius mitjançant la tecnologia CRISPR-Cas9.
Aquests models establerts en el Laboratori d'Epigenètica del Càncer del IdISBa han servit de base per a la confecció de mapes epigenètics (modificacions de l'ADN i estructura del genoma) i transcriptómics (avaluació de l'expressió de tots els gens actius del genoma) d'aquesta mena de tumor agressiu.
Amb la publicació d'aquests mapes, que seran de domini públic i podran ser utilitzats com a guia per a innombrables recerques, es posa a l'abast de tota la comunitat científica les dades de diverses tècniques de seqüenciació.
Per a aquest fi s'ha triat el repositori del European Nucleotide Arxivi (Array Express: https://identifiers.org/arrayexpress:E-MTAB-12825). A més, els detalls i guies per a la seva utilització han estat publicats aquesta setmana en la revista de dades genòmiques BMC Genomics Data.
El projecte, dirigit pel Dr. Diego Marzese i principalment executat en la part funcional pel Dr. Pere Llinas-Arias i en la part de biologia computacional per Miquel Ensenyat-Méndez, tots investigadors de IdISBa, ha comptat amb la col·laboració d'experts en tractament del càncer mamari com els Drs. Javier Orozco (SJHC, els EUA) i Maggie DiNome (Duke University, els EUA), d'experts en epigenètica com els Drs. Mathieu Lupien (Princess Margaret, Canada) i Manel Esteller (IJC, Barcelona) i d'investigadors de centres avançats d'anàlisi genòmica (Karolinska Institutet i NGI, Suècia).
Aquest estudi forma part d'un projecte actualment desenvolupat en el IdISBa el qual ha descobert que la modulació epigenètica d'una regió genètica en aquests tumors permet la invasió de teixits sans, que actualment es troba en vies de publicació i s'ha dipositat en un repositori públic com prepint.